柠檬是一种较耐贮存的水果，柠檬虽为亚热带水果，但个体发育时间长，成熟时环境温度相对较低，而且果实含酸量高，果实表面中蜡质较厚，果皮比较致密。柠檬属非呼吸跃变型果实，柠檬成熟过程较长，没有相对集中成熟的现象，自然成熟过程中也没有呼吸高峰和乙烯生成高峰。
温度是影响柠檬贮藏的重要因子，一般来说随着温度降低果实代谢水平降低自然损耗低，释放的呼吸热较少水分散失少，微生繁殖减慢侵染也较弱有利于贮藏。但过低的温度会使柠檬果实代谢混乱，发生低温伤害。柠檬是最不耐低温贮藏的果实。柠檬贮藏要求适宜的湿度，以防止水分散失或腐烂，通常湿度以85%-90%为宜。
打蜡可以提高柠檬果实的商品性，延迟皱皮，减少自然失重，降低呼吸代谢，但打蜡后的柠檬在长期贮存的后期异味严重，腐烂率也较高。所以对柠檬进行打蜡处理，可以用于柠檬的短期贮藏。
柠檬的采收及采后处理
（1）采收 柠檬果实的适宜采收时期为果皮颜色从深绿转为淡绿时,这既有利于贮藏又能保持果实品质。也可以根据果汁含量进行判定，果汁含量达到30％是柠檬采收的最低标准。
采收时用果剪精细采收，为了减少机械伤应保留果梗，但应尽可能的短，避免在运输时造成新的机械损伤。采收同时应剔除病果、畸形果、伤果。腐烂的已经没有应用价值的果实应收集起来集中销毁。
（2）预冷 采收后的果实，应及时进行预贮预冷，这不但能释放田间热，而且可以使已感病但还没有表现症状的果实表现出症状，以便剔除.其方法可用风冷、水冷。
（3）分级、洗果、打蜡 果实应按大小、颜色以及果型分级。分级标准可自制，也可采用国家或相关出口国的标准，以提高其商品性。洗果可除去果实表面的尘垢，提高光洁度，同时减少污染，降低腐烂率。
打蜡亦称涂料处理，是目前发达国家提高水果商品性的通用办法。常用涂料有石蜡、松脂、虫胶以及用石蜡制成的水溶性石蜡。为保证食品的安全性，现已有许多天然涂料物质被采用，如淀粉、蛋白、植物油等，打蜡的方法有浸涂、刷涂、喷涂三种。打蜡应注意以下几点：①材料安全无毒；②涂料厚薄因品种特性，涂料种类和特性不同而不同，具体应建立在实验基础上；⑧涂料应均匀适当；④打蜡是果实采收后一定期限内商品化处理的一种辅助措施，只宜于短期贮运或上市前处理，提高商品性，长期贮藏宜慎重。
贮藏参考指标
贮藏温度 相对湿度 气体成分o2 气体成分co2 冰点（℃） 冷害温度 贮藏寿命 12-15℃ 85-90% 5%-8% <5% -1.4 10℃ 2-6个月
贮藏方法
气调贮藏：温度12-15℃；湿度85％-90％；co2<5％；o25％-8％。应该指出，原料的不同品种、不同产地、不同地块以及计划贮藏期限不同，最佳贮藏条件也不尽相同，实际生产应建立在实验基础上。
贮藏病害与防治
柠檬果实贮藏期间的真菌病害主要有：黑腐病，酸腐病，蒂腐病，青、绿霉病，炭疽病；生理性病害主要有：干疤和水肿。
⑴蒂腐病 分为褐蒂腐和黑蒂腐两种，其症状相似，但褐蒂腐病斑与健康组织间无明显界限，后期有发酵味。黑蒂腐病斑与健康组织间有明显界限，后期有恶臭味。病菌从果蒂处侵入果实组织，初期病斑为水渍状，病斑不断扩大，逐渐变为褐色或黑色，腐烂穿过果实中心的速度比沿果皮发展快。在多雨潮湿的产区或年份发生尤为严重。
⑵黑腐病 最初症状是果蒂变黑，病菌沿果实中柱向下发展，凡菌丝所到之处，即变黑腐烂。在果实生长发育期间，黑腐病菌多存在于果蒂处，在果蒂组织被破坏之前，不能侵入柠檬组织内部。任何使果实衰弱的条件如不适的环境、采收过迟或长期贮藏都会增加果实对黑腐病的敏感性。
⑶绿霉病 是指青霉菌和绿霉菌所致的两种贮藏病害。其发病过程和症状相似，初期果皮表面变软，出现水渍状斑，随病斑的扩展病部长出白色菌丝，很快转变为青色或绿色的霉层，从开始发病到全果腐烂只需1-2周。病菌通过分生孢子靠接触或随气流传播。从伤口、裂口侵入，故最根本的防止措施是减少机械损伤。世界上所有商品性的柑橘产区，青、绿霉病都是造成采后腐烂最普遍的原因。
⑷酸腐病 最初症状是微凸的水渍状浅黄色至黄色斑点，病菌主要在果实内部生长，到后期，果实内部组织全部分解成酸味的水渍状的胶粘物。在24-29℃下，从侵染到全果腐烂只需5天，相邻的果实也会接触感染，病菌从伤口入侵。
⑸炭疽病 发病开始于蒂端，最初的外部症状是灰色至褐色斑点，以后斑点迅速扩大，有时延及整个果实。在潮湿条件下，表面出现粉红色孢子，以后孢子群变为褐色至黑色，直到后期病菌才侵入果肉深处。主要感染宽皮橘类，柠檬果实偶有发生，潮湿的地区和年份发病严重。病菌在果园的枯枝或弱枝上生长，并从那里传播至果实，通过果皮破裂处或枯死的果蒂进入果实内。
以上病害的防治方法：除作好采后处理，可用药物防治。方法如下：
①噻苯咪唑(特克多、tbz)和苯来特(苯菌灵)：是最有效的采后杀菌剂，可有效地控制蒂腐病和青、绿霉病，对炭疽病有一定效果，但对酸腐病和黑腐病无效。这两种杀菌剂均微溶于水，常配成蜡-水混合液或水的悬浊液使用，处理时须不断摇动悬浊液，以保证药液均匀一致。使用浓度分别为：噻苯咪唑1 000mg/l，苯来特600mg/l，采后浸果3-5分钟。
②邻苯基酚钠(sopp)：可控制蒂腐病和青、绿霉病，对酸腐病也有一定的效果，尤其用于橙类更为有效。使用ph值为11.5-12.0的2％邻苯基酚钠水溶液药效最高，故常用的配方是：2％邻苯基酚钠+0.2％naoh+1％六胺，也可用1％邻苯基酚钠蜡水溶液。
③仲丁胺：可控制青、绿霉病，对蒂腐病的效力较低，对酸腐病和炭疽病无效。仲丁胺为液体，沸点63℃，可作为库房熏蒸剂(25-200mg／l，v／v，42h)，也可配成1％-2％水溶液作浸果处理。
④联苯：可控制蒂腐病和青、绿霉病，对酸腐病无效。是一种蒸气态杀菌剂。常用的方法是：将可渗性包果纸按2.35g：1张(27.9cm×43.2cm)的比例用联苯浸渍，制成联苯包果纸。也可把联苯溶于石蜡油(或矿物油)里制成联苯-石蜡混合液，涂在纸片上制成联苯衬垫。
在国内，目前生产上常用的防腐剂还有托布津(1000-2000mg／l)、多菌灵(800-1000mg／l)、抑霉唑(500mg/l)、碳酸氢钠(2％)等。
生理病害
⑴褐斑病(干疤)：多在贮藏中期至后期发生。初期症状为浅褐色不规则斑点，以后颜色变深，病斑扩大，在低温下发展成为以蒂部为中心的、不规则的环形病斑。病斑处油胞破裂。凹陷干缩，部位仅限于外果皮。多数认为这是一种低温失调的生理病(brooks&mccolloch,1936；李沛文，1977)。在低温低湿下贮藏，发病尤为严重。在贮藏上通过适当晚采、高湿、低o2和高co2避免贮温过低等措施，来控制和降低褐斑病发病率。
⑵水肿病：初期果皮变淡，局部果皮出现不规则、半透明的水渍状斑，食之有煤油味。病情严重后整个果实为半透明水渍状果，松软，易剥皮，食之有浓厚的酒精味。若继续贮藏，则被其它致病菌侵染而腐烂。大量试验表明，贮温过低和通风换气不良使co2积累过多，会导致水肿病的发生。只要两个因子中的任何一个存在一定时间后就会导致水肿病发生，两种因子同时存在时则发病更早、更严重。所以防治柠檬果实水肿病应注意防止贮温过低或波动过大，同时加强管理，注意通风换气。